今回の方法で分離したRNAにはゲノムDNAが少量混在する場合が多い。
エクソン内のプライマーでRT-PCR法を行う場合、Differential Displayなどを行う場合など、ゲノムDNAを完全に除く必要がある。
このためにはDNA分解酵素(DNase I)を用いてDNAを分解する。その後、DNase Iはフェノール処理によって除く。
この操作は省略可能な場合もある。

操作

1. RNA(20μgから50μg)を118μlの滅菌蒸留水に溶解する。


2. 1.の溶液に10×DNase Buffer15μl、RNase inhibitor 0.5μl、BSA(2mg/ml)15μl、DNase 2μlを加える。


3. 37℃で15分から30分間保温する。


4. 保温後のサンプルにフェノール/クロロフォルム(1:1)を150μl加え、良く撹拌する(Vortexをかけても良い)。


5. 遠心(15000rpm、室温、5分間)


6. 上清を新しいチューブに移し、3M Na Acetateを15μl、エタノールを375μl加え撹拌し-20℃から-80℃で保存する。


7. 使用する前に再度定量を行う。